De KAGB heeft als opdracht door eigen activiteiten een inhoudelijk toegevoegde waarde te creëren binnen haar werkterrein in het belang van en met het oog op de versterking van de gezondheidszorg.
De eerste kerntaak van de KAGB is het verlenen van deskundigenadviezen op het gebied van de volksgezondheid, en op het gebied van de wetenschapsbeoefening, het onderwijs en de vorming, de beroepspraktijk in de geneeskunde, de farmacie, de diergeneeskunde en de aanverwante wetenschappen. In dat kader organiseert de KAGB bijeenkomsten. De deskundigenadviezen zijn hoofdzakelijk gericht tot de Vlaamse minister, bevoegd voor het gezondheidsbeleid, de federale minister, bevoegd voor de volksgezondheid, en andere Vlaamse, federale en Europese overheden op het gebied van gezondheidszorg.
De tweede kerntaak van de KAGB is het toekennen en uitreiken van prijzen voor wetenschappelijk onderzoek.